| N | Управление, отдел | Должность |
| 1 | Управление делами, кадрового и правового обеспечения | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Общий отдел | Начальник отдела |
| Отдел информационных технологий и информационных ресурсов | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел секретариата и протокола | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Советник |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Старший специалист 1 разряда |
| Отдел государственной службы и кадров | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел юридического обеспечения деятельности Агентства | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 2 | Специальное управление | Начальник управления |
| Отдел N 1 | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| Старший специалист 1 разряда |
| Старший специалист 3 разряда |
| Центральный архив ФМБА России | Консультант |
| Старший специалист 3 разряда |
| Отдел N 2 | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Старший специалист 1 разряда |
| Бюро пропусков | Старший специалист 3 разряда |
| Отдел N 3 | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Старший специалист 1 разряда |
| | Международный отдел | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Ведущий специалист-эксперт |
| 3 | Мобилизационный отдел | Начальник отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| Старший специалист 1 разряда |
| 4 | Планово-финансовое управление | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Заместитель начальника управления - главный бухгалтер |
| Отдел бухгалтерского учета и отчетности | Начальник отдела - заместитель главного бухгалтера |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел финансирования ФЦП и расходов инвестиционного характера | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел планирования расходов бюджетных учреждений | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел планирования расходов на оплату труда и государственной службы | Начальник отдела |
| Консультант |
| Административно-хозяйственный отдел | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| 5 | Управление материально-технического обеспечения и капитального строительства | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Отдел планирования и маркетинга | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел исполнения контрактов | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел организации строительного контроля | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел капитального строительства, реконструкций и капитальных ремонтов | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел претензионной и судебно-договорной работы | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 6 | Управление надзора и контроля в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Отдел организации надзора за радиационной безопасностью | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| Отдел организации надзора за химической безопасностью | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| Отдел организации надзора за санитарно-эпидемиологической безопасностью пилотируемых космических полетов, водолазных и кессонных работ | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| | Заместитель начальника отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| Старший специалист 1 разряда |
| Отдел санитарного надзора и координации деятельности территориальных органов | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист 3 разряда |
| 7 | Управление организации научных исследований | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Отдел сводного планирования и информатики | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Старший специалист 1 разряда |
| Отдел радиационных проблем | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Отдел химических проблем | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Отдел биотехнологических проблем | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Отдел биофизических проблем | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Ведущий консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| 8 | Управление здравоохранения | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Отдел организации промышленной медицины и медико-социальной экспертизы | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Отдел организации медицинской помощи | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Отдел медицины катастроф, гражданской обороны и медицинского обеспечения уничтожения химического оружия | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Отдел космической и водолазной медицины | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Отдел организации деятельности службы крови | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Отдел контроля и надзора в сфере донорства крови и ее компонентов | Начальник отдела |
| Главный специалист-эксперт |
| 9 | Управление организации спортивной медицины | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Отдел науки и инновационных технологий в спортивной медицине | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Главный специалист-эксперт |
| Отдел спортивной фармакологии | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 10 | Территориальные органы ФМБА России | Руководитель |
| Заместитель руководителя |